Casamento: o texto reforça a validade civil do casamento religioso e prevê reconhecimento de decisões matrimoniais da Santa Sé pela legislação nacional. Para críticos, o item faz com que uma separação tenha de ser pedida ao Vaticano como anulação e reconhecida pelo Estado brasileiro como divórcio civil

Educação: a instituição do ensino religioso de matrícula facultativa nas escolas públicas de ensino fundamental é orientação defendida pela Igreja, que prevê que seja feito sem discriminar as diferentes confissões religiosas praticadas no Brasil. Entidades, no entanto, afirmam que a Igreja quer ter tal direito antes mesmo da discussão sobre se esse ensino deve ser ou não responsabilidade estatal e sob seu controle

Isenção: a imunidade tributária a pessoas jurídicas eclesiásticas necessitaria de estudos sobre eventuais perdas aos cofres públicos, dizem críticos do acordo

Patrimônio: o acordo garante que o Estado protegerá o patrimônio cultural da Igreja, mas não são claros os limites e isso poderia configurar privilégios